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- Effect of Chromatographic Conditions on Supercoiled Plasmid DNA Stability and BioactivityPublication . Azevedo, G.M.; Valente, J.F.A.; Sousa, A.; Pedro, A.Q.; Pereira, P.; Sousa, F.; Queiroz, J.A.The dysfunction of the tumor suppressor gene TP53 has been associated with the pathogenesis of the majority of the cases of cancer reported to date, leading the cell to acquire different features known as the cancer hallmarks. In normal situations, the protein p53 protects the cells against tumorigenesis. By detecting metabolic stress or DNA damage in response to stress, p53 can lead the cell to senescence, autophagy, cell cycle arrest, DNA repair, and apoptosis. Thus, in the case of p53 mutations, it is reasonable to assume that the reestablishment of its function, may restrain the proliferation of cancer cells. The concept of cancer gene therapy can be based on this assumption, and suitable biotechnological approaches must be explored to assure the preparation of gene-based biopharmaceuticals. Although numerous procedures have already been established to purify supercoiled plasmid DNA (sc pDNA), the therapeutic application is highly dependent on the biopharmaceutical’s activity, which can be affected by the chromatographic conditions used. Thus, the present work aims at comparing quality and in vitro activity of the supercoiled (sc) isoform of the p53 encoding plasmid purified by three different amino acids-based chromatographic strategies, involving histidine–agarose, arginine–macroporous, and histidine–monolith supports. The B-DNA topology was maintained in all purified pDNA samples, but their bioactivity, related to the induction of protein p53 expression and apoptosis in cancer cells, was higher with arginine–macroporous support, followed by histidine–monolith and histidine–agarose. Despite the purity degree of 92% and recovery yield of 43% obtained with arginine–macroporous, the sc pDNA sample led to a higher expression level of the therapeutic p53 protein (58%) and, consequently, induced a slightly higher apoptotic effect (27%) compared with sc pDNA samples obtained with histidine–monolithic support (26%) and histidine–agarose support (24%). This behavior can be related to the mild chromatographic conditions used with arginine–macroporous support, which includes the use of low salt concentrations, at neutral pH and lower temperatures, when compared to the high ionic strength of ammonium sulfate and acidic pH used with histidine-based supports. These results can contribute to field of biopharmaceutical preparation, emphasizing the need to control several experimental conditions while adapting and selecting the methodologies that enable the use of milder conditions as this can have a significant impact on pDNA stability and biological activity.
- Avaliação do desempenho de soluções alternativas em interseções, por recurso a técnicas de microssimulação de tráfegoPublication . Bertoli, Maria Julia de Paula; Silva, João Pedro Cruz da; Silva, Ana Maria César BastosEm domínio urbano, é expectável que grande parte dos problemas de congestionamento de tráfego ocorram ao nível das interseções. Neste contexto, a presente dissertação centra-se na utilização da microssimulação como ferramenta de avaliação e definição de estratégias de melhoramento do desempenho de uma interseção urbana sendo abordado o Largo da Républica em Leiria pela sua complexidade face aos níveis de tráfego que apresenta e também por se situar numa zona nobre da cidade. Para avaliação comparativa do desempenho das soluções estudadas, utilizou-se ao software de microsimulação Aimsun pela sua versatilidade e por ser considerada uma ferramenta fidedigna para este tipo de análises. A pesquisa baseou-se na definição de diversos cenários de procura de tráfego associados a diferentes propostas de reformulação geométrica, designadamente (1) ajuste do plano de temporização; (2) sistema de controlo actuado e; (3) transformação da interseção numa rotunda alongada. Em termos metodológicos, posteriormente à seleção do estudo de caso, procedeu-se à recolha de elementos existentes, a qual foi complementada pela recolha de dados adicionais in loco. Em seguida a interseção foi codificada e modelada, seguindo-se a calibração e validação. Posteriormente, foram estudadas algumas propostas de alteração semafórica ou geométrica para os diferentes cenários de demanda futura. Com os modelos construídos foi então possível desenvolver análises comparativas, evidenciando vantagens e limitações e o correspondente nível de desempenho global. Refira-se igualmente que a qualidade e precisão dos valores inseridos no modelo têm uma influência notória nos resultados pelo que a etapa de calibração e validação foi essencial para garantir a fiabilidade dos resultados. O estudo permitiu quantificar um conjunto de indicadores de desempenho que potenciou a comparação direta e credível entre as várias soluções estudadas obtendo-se, deste modo, uma base sólida para a eventual tomada de decisões quanto a intervenções na infraestrutura. Em termos gerais a solução da implantação da rotunda alongada foi a que atingiu maior nível de desempenho em termos de fluidez e capacidade, sendo ainda expectável tratar-se da solução globalmente mais competitiva considerando a totalidade dos custos nomeadamente nas vertentes de segurança rodoviária, implementação da solução, conservação e manutenção.
- Monitorização dos macroplásticos e seus impactos numa piscicultura offshore de Sparus aurata na Ilha da Madeira (Portugal)Publication . Martins, Mariana Raquel de Jesus Mendes; Pombo, Ana Margarida Paulino Violante; Andrade, CarlosSparus aurata é uma espécie cultivada na Ilha da Madeira em jaulas offshore com bastante importância económica. Os plásticos são um problema mundial que afeta todos os ecossistemas e constituem a maioria de todo o lixo marinho, sendo os mais visíveis os mesoe macroplásticos (0,5–2,5cm e >2,5cm, respetivamente). Contudo, existe falta de investigação do impacto destes materiais em espécies de cultivo. Como tal, este estudo visa a colmatar esta falta de informação ao realizar a monitorização destes plásticos na piscicultura MARISMAR, sediada na Calheta, Ilha da Madeira. A monitorização foi feita nas jaulas através de amostragens videográfica do exterior das redes e no stock de S. aurata através de amostragens visuais do trato gastrointestinal de indivíduos mortos recolhidos e de indivíduos capturados vivos. Adicionalmente realizou-se também a monitorização e recolha de plásticos em dois locais da costa (praias) próximos à piscicultura. Verificou-se uma maior ocorrência de plástico no mês de Março nos três alvos da monitorização (jaulas, douradas e costa). A piscicultura possui um total de dez jaulas, tendose destacado duas que foram mais afetadas, tanto em termos de plástico nas redes da jaula como nas douradas provenientes destas. Ao comparar a frequência de plástico com os parâmetros climatéricos estudados (precipitação média da semana anterior, velocidade média diária do vento e coeficiente de maré diário), foi possível verificar uma associação entre a presença de plástico nas jaulas e a precipitação e coeficiente de maré, assim como entre a presença de plástico na costa e a precipitação e velocidade do vento. Os plásticos que mais afetaram as jaulas, as douradas em cultura e os locais da costa amostrados foram na sua maioria sacos de plástico e seus fragmentos, sendo estes um tipo de plástico amplamente utilizado em várias atividades (doméstica, pesca e aquacultura, agricultura, etc.).
- The effects of three different feed sources on the somatic and gonadal growth of Paracentrotus lividus (Lamarck, 1816)Publication . Cunha, Beatriz Leite da; Pombo, Ana Margarida Paulino Violante; Lourenço, Sílvia Alexandra PereiraOs echinóides em geral, e os ouriços-do-mar em particular desempenham um papel predominante nas comunidades marinhas. Paracentrotus lividus (Lamarck, 1816) distribui-se por todo o Mar Mediterrâneo e pelo Atlântico Nordeste, desde a Escócia e a Irlanda até o sul de Marrocos e as Ilhas Canárias. As suas gónadas, que são denominadas comercialmente “ovas” ou “uni”, são consideradas uma iguaria de elevado valor comercial e por isso as populações de ouriços-do-mar têm sido exploradas globalmente e muitas estão sujeitas a pesca excessiva. As principais pescarias de ouriço-do-mar do mundo estão, consequentemente, em declínio, o que estimulou o interesse no desenvolvimento de métodos intensivos de cultura para espécies comercialmente importantes de ouriços-do-mar. O objetivo da investigação em produção aquícola de ouriços-do-mar é fazer a ponte entre a oferta e a procura de produtos de aquacultura, para que indivíduos adultos, com gónadas de excelente qualidade, possam estar disponíveis para o mercado durante todo o ano. O principal objetivo deste estudo foi avaliar o efeito de diferentes fontes de alimento no crescimento somático e das gónadas do ouriço-do-mar Paracentrotus lividus. Para verificar este efeito, foi realizado um ensaio nutricional de 103 dias utilizando três dietas contendo algas (Dieta A); ingredients de origem animal (Dieta B) e ingredientes de origem vegetal (Dieta C). O crescimento dos ouriços-do-mar foi avaliado através da taxa de crescimento, aumento do diâmetro, ganho em peso e indice gonadossomático. A composição bioquímica das gónadas e o desenvolvimento reprodutivo antes e no final do ensaio nutricional também foram avaliados e comparados com um controlo selvagem. Os parâmetros somáticos e o IG não apesentaram diferenças entre as três dietas, no entanto o peso gonadal foi significativamente superior nos indivíduos com a dieta C (0.76 ± 0.51 g) quando comparado com indivíduos alimentados com a dieta A (0.43 ± 0.35 g). Os indivíduos alimentados com a dieta C apresentaram melhores resultados a nível do ciclo reprodutivo, com a maior percentagem de indivíduos no estádio prematuro (III) (44.4 %). Entre os três tratamentos, a dieta B e a dieta C apresentaram uma grande percentagem de gónadas na categoria 1 (51,2% e 51,1%, respectivamente). De um modo geral, todas as dietas promoveram o crescimento e o desenvolvimento das gónadas de P. lividus e conferiram um perfil nutricional adequado